Có một vài ưu điểm của sự tự phối quan sát được ở thực vật có hoa và sinh vật nguyên sinh. Ở thực vật có hoa, đối với mộ số loài, việc không phụ thuộc vào các tác nhân giúp thụ phấn là một việc quan trọng hơn ở một số loài khác. Tuy nhiên, điều này là bất thường nếu xét đến việc nhiều loài thực vật đã tiến hóa để trở nên không tương thích với chính giao tử của chúng. Trong khi đối với những loài sự tự phối không phải là một cơ chế sinh sản phù hợp, thì ở những loài không tồn tại việc không tương thích với chính mình khác, sẽ thu được lợi từ sự tự phối. Các loài sinh vật nguyên sinh có lợi thế trong việc đa dạng hóa chế độ sinh sản của chúng. Điều này là có lợi vì nhiều lý do. Thứ nhất, nếu như có một sự thay đổi bất lợi nào trong môi trường mà khiến việc sinh con gặp nguy hiểm, thì sinh vật nào có khả năng tự phối sẽ có lợi hơn. Ở các sinh vật khác, đa dạng di truyền nảy sinh từ sinh sản hữu tính được duy trì bằng các thay đổi trong môi trường mà thiên vị một loại cấu trúc di truyền hơn loại khác.